Üblicherweise wird das Ende des hohen Mittelalters und der Beginn des späten Mittelalters mit dem Tod Kaiser Friedrichs II. (1250) in Verbindung gebracht. Der Weg von der Monarchie zur Fürstenaristokratie, ausgelöst durch den Zusammenbruch des staufischen Hauses geschah in pendelnden Schüben. Die deutschen Fürsten verhinderten die Etablierung der Habsburger Königsdynastie. Durch die Kraft der erblichen Monarchie in den west- und südeuropäischen Staaten entstand u.a. auch für das Erzbistum Köln eine bestimmende politische Dynamik.
Das Papsttum im Schisma
Nicht der Gegensatz der Reichs- und Nationalstaaten, sonder der jahrhundertealte Kampf zwischen Kaisertum und Papsttum war der vordergründig beherrschende Konflikt. Mit dem Niedergang des Kaisertums nahm Papst Bonifaz VIII. auch die Entscheidungskompetenz in weltlichen Sachen für sich in Anspruch. In christlichem Sinne kann nur die höchste geistliche Autorität die Frage nach Gut und Böse beantworten. Gipfelpunkt und Absturz lagen eng beieinander.
Das Papsttum mit seiner universalen Geltung musste sich gegen die Vereinnahmung durch staatliche Sonderinteressen behaupten. Das gelang nicht immer. Während des Exils in Avignon (1309) gab das Papsttum der Kirche eine monarchisch-zentralistische Leitungsstruktur, die die Entscheidungsbefugnis an sich zog. Außerdem mussten für Ämter und Pfründe beträchtliche Gebühren bezahlt werden. 1378 teilte sich die Kirche in die Anhängerschaft des in Rom und des in Avignon residierenden Papstes. Es kam zu einer theologischen und kirchenpolitischen Diskussion über das Verhältnis von Papst und Konzil.
Beim Konzil von Basel (1431 - 1448) kam es zum Konflikt zwischen papalistischer und konziliarisch-episkopalistischer Kirchentheorie und -praxis. Auch die Kölner Kirche war durch Erzbischof Dietrich von Moers (1414 - 1463) stark involviert. Das Papsttum setzte sich u.a. durch Tradition und den weltlichen Fürsten zu Lasten der Bischöfe durch. Dafür zahlte der Papst durch Konkordate und andere Vergünstigungen. Die Fortführung der Basler Reformansätze und die Reform des "Hauptes" wurde leider versäumt.