Die Stabsstelle Aufarbeitung soll, zum Wohle der Betroffenen, Arbeitsabläufe optimieren. Sie analysiert, ob an den Stellen, die mit sexualisierter Gewalt zu tun haben, die Prozesse, Abläufe, Zuständigkeiten, Aufgaben und Verantwortlichkeiten klar beschrieben und bekannt sind. Diese Prozesse müssen regelmäßig evaluiert werden.
Die Stabsstelle ist Ansprechpartner für die drei Gremien, die sich mit sexualisierter Gewalt beschäftigen (Betroffenenbeirat, Beraterstab, Unabhängige Aufarbeitungskommission).
Bei allen Personen, die mit dem Themenfeld sexualisierter Gewalt zu tun haben, soll regelmäßig überprüft werden, welche Fort- und Weiterbildungen wichtig sind inklusive der Verpflichtung zur regelmäßigen Teilnahme.
Ein weiteres Arbeitsfeld der Stabstelle Aufarbeitung ist die Vernetzung mit externen Experten für das Themenfeld Missbrauch und Aufarbeitung, auch im nichtkirchlichen Kontext.